Gone Again es el primer trabajo que Patti Smith y Tony Shanahan realizan juntos; se trata precisamente del álbum de retorno de Smith a la escena musical después de los años de silencio. Cuando llega el momento de enfrentarse al público, después de la grabación del disco, Smith elige a Shanahan para acompañarla por toda la Costa Oeste e interpretar a dúo varios conciertos. A partir de este momento y según sus palabras, Tony Shanahan se convierte en amigo de por vida de Patti Smith. Tanto en Gone Again como en su siguiente trabajo juntos, Peace and Noise, en el que ambos escriben el tema sobre la invasión del Tibet 1959, el bajo y piano de Shanahan refuerzan el poder poético de los poemas cantados por Smith. 1959 se publica como single en 1997 y es nominado para los Grammy en 1998.

En 2000, Shanahan y Smith vuelven a colaborar en el álbum Gung Ho, escribiendo los temas Gone Pie y New Party -éste último se usó como canción oficial para la campaña del candidato progresista a la presidencia de los Estados Unidos, Ralph Nader-. Trampin es el cuarto trabajo que realizan en colaboración; Mother Rose, un tierno poema dedicado a la figura de la madre, y el intenso Peaceable Kingdom son temas compuestos por ambos. En la recopilación, Land, que reúne todos los álbumes publicados por Patti Smith entre 1975 y 2002, Tony Shanahan acompaña a la gran poeta del rock con el bajo y los teclados; colaboración que se mantiene en la remasterización del clásico Horses editada en 1997. En 2007, Smith y Shanahan publican Twelve, álbum en el que Patti Smith interpreta temas de los autores que más la han influido: Jefferson Airplane, Beatles, Stones, Neil Young, etc., así como de los que han sido influidos por ella.

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Aparte de su prolongada trayectoria con Patti Smith, Tony Shanahan ha colaborado con Ryan Adams en los trabajos Rock N Roll (2003) y Faith Hill (2007); con Suzanne Vega, en Beauty and Crime (2007); y con Ian Hunter en Shrunken Heads (2007).